（一）办公室  
    协调局领导处理机关政务和日常工作，负责会议组织、文秘、档案、保密、机关财务、外事、信访、信息、行政督查等工作，负责全系统的法制、行政复议、体制改革、政策研究工作；负责党务、纪检、监察、精神文明、计划生育、综合治理等工作。
    （二）财务审计科   
    负责编制全市交通系统年度财务、收支计划，局属国有资产管理和种类资金的管理，按规定对局属单位和规费收支、交通专项资金进行审计监督，指导本系统财务会计工作。
    （三）人事科技教育科    
    负责局机关及局属单位的人事、劳动、工资、机构、编制、专业技术、职务评聘管理工作。负责系统的行业科技推广、技术改造、行业职工教育工作；组织编制本系统交通行业科技、教育中长期发展规划及年度计划并组织实施。 
    （四）规划工程科     
    负责编制全市交通行业中长期规划和年度计划并组织实施；会同有关部门负责全市公路、水路建设项目的前期工作和后期评价工作；指导全市交通系统物资计划管理和局管重点工程的物资供应；负责全系统的统计工作；负责全市公路建设、管理和监督工作。
    （五）运输科    
    负责全市道路、水路运输市场管理，宏观调控运力、运量，维护道路、水路运输市场的平等竞争秩序，负责组织道路、水路重点物资运输，负责汽车出入境运输管理，负责汽车驾驶学校的审核批准；负责全市营运性运输驾驶员培训管理。
    （六）交通战备科    
    负责战备紧急运输，负责交通战备建设工作。
    （七）安全监察检查科    
    负责全局系统安全生产管理及交通安全管理，对全系统安全工作进行督查、检查；负责全局系统的各种事故的上报处理。