股权转让收入的确认分个人转让股权和企业转让股权两种情形，均遵循公平交易原则，特殊情况下税务机关会核定收入，具体依据《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》（国家税务总局公告 2014 年第 67 号）和《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函〔2010〕79 号）等规定，具体确认方式如下：

一、收入金额确认

1、常规情况。转让方因股权转让获得的现金、实物、有价证券和其他形式的经济利益都算股权转让收入。像与股权转让相关的违约金、补偿金，还有满足合同约定条件后取得的后续收入，也得并入股权转让收入中。

2、需税务机关核定的情况。当出现申报收入明显偏低无正当理由、逾期未申报、拒不提供收入资料等情形时，税务机关会核定收入。核定依次用以下方法：一是净资产核定法，按每股净资产或股权对应的净资产份额核定，若企业特定资产（如土地使用权、知识产权等）占总资产超 20%，可参照资产评估报告核定；二是类比法，参照相同或类似条件下同一企业其他股东，或同类行业企业的股权转让收入核定；三是其他合理方法，若前两种方法实施困难，税务机关可采用其他合规合理的方式核定。

二、收入确认时间

1、个人。无单独的收入确认时间特殊规定，以股权实际转移为核心，比如受让方支付价款、实际履行股东职责等情形发生时，即需对应确认收入并申报纳税。

2、企业。需在转让协议生效，并且完成股权变更手续这两个条件同时满足时，确认股权转让收入的实现。而且计算股权转让所得时，不能扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权可能分配的金额。

此外，若股权转让收入明显偏低，但属于继承或转让给近亲属、因国家政策调整导致企业经营受重大影响而低价转让等有正当理由的情形，可按实际约定价格确认收入，无需按核定方式调整。